Các vi khuẩn thông thường có thể sống một cách tự nhiên dưới dạng các ký sinh trùng thực thể trong các sinh vật khác, nhưng cũng có thể sống tự do.

Một ví dụ về vi khuẩn ký sinh là trùng Naegleria fowleri ở người [8]. Theo nguyên tắc, loài amoeboid này là một loài ăn thịt tự do sống trên các vi khuẩn, nhưng thỉnh thoảng nó thành công lây nhiễm vào người như một nội ký sinh trùng và thường được gọi là "amip ăn não" [9].